La imagen de San Juan Bautista, de la que existía especial devoción en Almagro contando con cofradía propia, se veneraba en distintas capillas de la parroquia de San Bartolomé el Viejo.
Algunos hermanos de esta cofradía pensaron que dicha imagen no estaba con “la autoridad y decencia necesaria” por lo que solicitaron a la corona licencia para llevar a cabo la construcción de una ermita que albergara la imagen de San Juan.
En enero del año 1624, el rey Felipe IV otorgó la licencia, que facultaba a los hermanos de esta Cofradía para la construcción de este edificio, que finalizó en 1626.
Por su parte, el ayuntamiento almagreño ratificó el lugar elegido por estos hermanos: “el sitio que por los dichos vecinos se pretende, que es en el raso del charco de barrionuevo, y en él señaló el cuerpo que ha de tener la dicha ermita que son treinta y cuatro varas de largo y nueve varas y media de ancho”. Este lugar es en el que se asienta actualmente.
Los gastos de la edificación se sufragaron gracias a las limosnas aportadas por los vecinos y el retablo mayor lo sufragó uno de los cofrades promotores de la construcción, de nombre Juan Bautista Igualada.
La ermita presenta diversas edificaciones, destacando por un lado la nave central, cubierta por un artesonado de par y nudillo de clara tradición mudéjar que presenta decoración de lacerías y escudos heráldicos. En 2020 se instaló un soberbio altar mayor de factura barroca.
Otros edificios añadidos corresponden a la sacristía y el camarín. Pero sin duda, la parte más destacable es la correspondiente a la Capilla de la Virgen de los Remedios. Dicha capilla se realizó en el siglo XVIII, en la parte perteneciente a la nave del evangelio y responde al tipo de capilla de planta de cruz griega con brazos poco desarrollados.
Esta capilla de los Remedios destaca por su decoración de pintura al temple y yeserías, que presenta una gran similitud con las pinturas de la Iglesia de San Agustín, representando alegorías marianas, del paraíso y pasajes de la vida de la Virgen.